问题：请教:如何计算有机分子内的原子间距?以及能量?(一定加分)
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提问：abcman
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时间：2006-01-14 14:25:29 编辑加入/取消收藏订制/取消短消息举报该贴

需要什么软件?用什么方法?

回复人：abcman,▲ (神啊！救救我吧！！！) 时间：2006-01-14 19:59:04 编辑	1楼
大家帮帮忙阿

回复人：wenchunlin,▲▲▲ (欢迎光临我的论坛http://www.happychem.com.cn/bbs) 时间：2006-01-14 19:59:56 编辑	2楼
hyperchem7.5可能可以！只是不很精确！要不用高斯03咯

回复人：abcman,▲ (神啊！救救我吧！！！) 时间：2006-01-14 20:04:09 编辑	3楼
我是搞有机的,可不可以说具体点谢谢

回复人：海波,▲ (研究方向侧重于分子簇与原子簇的计算，分子动力学模拟，激发态与电子光谱。) 时间：2006-05-29 22:16:36 编辑	4楼
还是用Gaussian 03吧，比较简单通用。

回复人：rainlily,▲ (化工从业人员) 时间：2006-06-03 20:09:34 编辑

5楼

试试MOPAC，下载地址：http://sourceforge.net/projects/mopac7/

简介：
MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量化程序，用于研究气体，溶液和固体的化学特性，包括Gibbs自由能，活化能，反应路径，偶极矩，非线性光学特性以及红外光谱，等。它还可以用做为结构-特性（或活性）定量的基础，预测生物学及其它特性，包括致癌性，蒸汽压，水溶解性，反应率等。MOPAC中获取专利的MOZYME算法可以使那些在超级计算机上需要几天或者几周的计算，在PC机上仅需要几分钟。对于包含上千原子的体系，诸如蛋白质，聚合物，半导体和晶体，它们的电子特性计算仅仅需要几分钟或几小时。
此外，MOPAC还包含用于光谱计算的半经验分子轨道程序MOS-F模块（目前版本是5.0）。MOPAC和MOS-F本身并不包含图形用户界面，但可以和CAChe，LinMOPAC，WinMOPAC，HyperChem或CS Chem3D等图形用户界面的程序结合使用。
MOPAC早先作为免费软件发布，最高版本为MOPAC 7.0。此后成为商业软件。MOPAC目前的版本是MOPAC2002 v1.5（WinMOPAC v3.9）。

功能：
MOPAC
1. 计算方法有：在MOPAC中有：AM1，AM1-d，PM3，MNDO，MNDO-d，MINDO/3；在MOS-F中有：CNDO/2，CNDO/S，CNDO/S2，CNDO/S3，INDO/S。适用原子：
MINDO/3（H，B，C，N，O，F，Si，P，S，Cl）；
MNDO (1977)（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi，S，Cb）；
AM1（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，V，Fe，Cu，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br， Rb，Sr，Mo，Pd，Ag，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Pt，Hg，Tl，Pb，Bi，Si，S，Cb）；
PM3 (1985)（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Ti，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi，Cb）；
PM5（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi）；
mndo_d（Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，Zn，Br，Cd，I，Hg）。
2. 可以进行的计算有：几何优化，过渡态结构，激发态结构，线性比例SCF计算(MOZYME方法)，反应坐标能量图，热构成（气相或溶液），简正模式振动分析，溶剂特性（气相，水，辛醇，等），IR光谱，原子电荷，极化率，偶极矩，分子轨道，电子密度，梯度范数，力，能量分配，ESP原子电荷，键序，参量化分子静电势，体系间交叉结构，氨基酸片断顺序的结构分析，IRC/DRC。
3. 支持的输入文件格式：MOPAC，MOS-F，Gaussian输入文件(*.gjf)，Gaussian fchk文件(*.fch)，Cartesian文件(*.car)，PDB。
4. XMO工具可以显示分子。
MOS-F
1. 进行半经验分子轨道方法INDO/S，CNDO/S，CNDO/S2，CNDO/S3和CNDO/2等的计算。
2. 单电子激发组态相互作用(CIS)的光谱计算，支持单重激发态和三重激发态。CIS还能计算激发态的电子密度和电偶极矩。
3. 随机相位近似(RPA)的光谱计算。
4. 分子特性计算：含频率极化率，静态第一超极化率，电-光泡克尔效应，产生二次谐波，光学检波，静态第二超极化率，包含克尔效应的直流电场，包含二次谐波的直流电场，产生三次谐波，简并四波混频，包含光学检波的直流电场。
5. 用Onsager模型进行SCRF计算，预测溶液中的分子特性：CIS/RPA波函的电子光谱；用CIS波函预测激发态的电子密度和电偶极矩；用CIS波函计算含频率极化率，第一超极化率，和第二超极化率。
6. 解析的Pariser-Parr，Nishimoto-Mataga，Nishimoto-Mataga-Weiss，Ohno，Ohno-Klopman，和DasGupta-Huzinaga公式，用于求解双中心电子排斥积分。
7. 支持的坐标输入格式有Gaussian型Z矩阵和MOPAC内坐标。
8. 到WinMOPAC的输入/输出接口。
9. 对溶质，自动计算空穴半径；通过指定溶剂名称，自动设置介电常数和折射率。
10. 改善SCF收敛的DIIS方法。
11. 转动常数；惯量主轴和偶极矩的夹角。

MOPAC2002 V1.5和WinMOPAC 3.9的新功能：
1. MINDO，AM1，PM3，PM5新增加对13种过渡金属（Sc,Ti,V,Cr,Fe,Co,Ni,Cu,Zr,Mo,Pd,Ag,Pt）的支持。
2. MOS-F模块升级到6.0。可以用AM1，PM3，PM5计算电子光谱，支持更多的元素；考虑溶剂影响；计算极化率和超极化率；直接SCF方法；快速的直接四指数积分变换方法。
3. 线性标度COSMO方法，能够对大分子进行COSMO计算。

平台：Windows NT4.0/95/98，DOS，Linux/Unix。

资源：

与MOPAC有关的资料

相关软件：

1.JMol

2.Molden

3.CAChe

回复人：anlin,▲ (计算化学) 时间：2006-07-20 11:11:34 编辑	6楼
gaussian可以的，我做过一些这方面的研究，QQ：95363097欢迎联系，探讨！

回复人：ccidnetcom,▲ () 时间：2007-07-24 00:50:08 编辑	7楼
MOPAC我用的不多,主要还是Gussian!

回复人：wxjbuilder,▲▲ (Way to innovation! KINETICS/MECHANISM=FACT/FACTION) 时间：2007-09-02 18:56:48 编辑	8楼
用高斯

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