问题：求助！关于Gaussian和molekel软件的问题。十万分感谢！！
类型：求助 (悬赏分:3分)
提问：无我
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版块：Gaussian()
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时间：2005-04-13 00:38:56 编辑加入/取消收藏订制/取消短消息举报该贴

我的目的是得到某物质的分子轨道能级图。
我已经用Gaussian算出轨道能量了，查文献了解到用molekel软件可以画，
但我不知道怎么把高斯的结果输入到molekel软件中？
高斯文件是.gif或.out的。但好像molekel不支持这种格式。
我很急切的想得到这个轨道能级图。
我是刚学习使用Gaussian的。对它不熟悉。大家能不能告诉我如何解决呢？
谢谢，十万分感谢。

[该帖子已被admin在2005-4-13 21:56:29编辑过]

回复人：deng_jin,▲▲▲ (理论有机，研究方向：利用计算机辅助量化计算研究外部场（电磁复合场）对空间有机选择性合成) 时间：2005-04-13 10:05:55 编辑	1楼
怎么不用GaussianView呢？ molekel没用过，其支持什么格式？可否尝试用chemoffice或者hyperchem为中介。

回复人：admin,★ (论坛管理员-欢迎大家访问化学化工论坛) 时间：2005-04-13 21:58:47 编辑	2楼
deng_jin版主说的对。 Gaussian 03配套的gaussian view 3.7。功能要强一些。 Hperchem可以计算并且绘制轨道图，非常方便。

回复人：无我,▲ (我被科学的特别是化学的魅力深深吸引，但需面对的困难让我有些畏惧，我在徘徊，难以取舍。) 时间：2005-04-14 00:31:16 编辑	3楼
谢谢二位！！我试试，若有不懂的再向你们请教好吗，谢谢：）

回复人：无我,▲ (我被科学的特别是化学的魅力深深吸引，但需面对的困难让我有些畏惧，我在徘徊，难以取舍。) 时间：2005-04-14 00:39:49 编辑	4楼
hehe,刚刚忘了，能给回答我问题的二位都加5分吗？谢谢了

回复人：deng_jin,▲▲▲ (理论有机，研究方向：利用计算机辅助量化计算研究外部场（电磁复合场）对空间有机选择性合成) 时间：2005-04-14 01:01:55 编辑	5楼
接受答案了。

回复人：deng_jin,▲▲▲ (理论有机，研究方向：利用计算机辅助量化计算研究外部场（电磁复合场）对空间有机选择性合成) 时间：2005-04-14 08:47:47 编辑

6楼

轨道能级图：
How do I display the NBO's calculated with Gaussian?
Run Gaussian with the keyworkd "PLOT" in the NBO section. This creates several FORTRAN output files. Load the regular Gaussian logfile fist. Load the corresponding FORTRAN file (probably rename it first to have the extension .orb) containing the NBO orbital coefficients with nbo orb. Select and display the orbitals as you do for regular orbitals.

回复人：无我,▲ (我被科学的特别是化学的魅力深深吸引，但需面对的困难让我有些畏惧，我在徘徊，难以取舍。) 时间：2005-04-14 23:09:22 编辑	7楼
：）真的谢谢！！我再试试。我今天试了gaussian View2.1画不出来。我要画的是Pt的金属配位化合物。Hperchem可能不行：（另外我还想问个问题：怎样把gaussian的输出文件.out变成.pdb的格式呢？我试了用Newzmat,只能把输入文件.gif变成.pdb的格式，可输出的不行，我很纳闷，可以再给我些指导吗，：）

回复人：deng_jin,▲▲▲ (理论有机，研究方向：利用计算机辅助量化计算研究外部场（电磁复合场）对空间有机选择性合成) 时间：2005-04-15 08:58:04 编辑	8楼
用GV3.7试试。？？？键入.gjf，点击run，弹出窗口，保存为.out，运行程序后，Utilities→Exteral PDB Viewer，得到的是计算后的.pdb啊。要不你给出.gjf，我试试用GV3.7看看。

回复人：大尾巴狼,▲▲ (物理化学) 时间：2005-04-15 10:38:49 编辑	9楼
用GV打开CHK点文件就可以了。

回复人：drt823,▲ () 时间：2005-04-15 15:05:31 编辑	10楼
用guassian软件的工具formchk将你的chk文件转换成.fch文件，然后用chemoffice的chem3d打开后可另存为pdb格式的。

回复人：drt823,▲ () 时间：2005-04-15 15:06:52 编辑	11楼
我在做gaussian计算，大家多交流啊

回复人：无我,▲ (我被科学的特别是化学的魅力深深吸引，但需面对的困难让我有些畏惧，我在徘徊，难以取舍。) 时间：2005-04-15 21:24:30 编辑

12楼

deng_jin, 就你所说的方法(How do I display the NBO's calculated with Gaussian? Run Gaussian with the keyworkd "PLOT" in the NBO section. This creates several FORTRAN output files. Load the regular Gaussian logfile fist. Load the corresponding FORTRAN file (probably rename it first to have the extension .orb) containing the NBO orbital coefficients with nbo orb. Select and display the orbitals as you do for regular orbitals.

),能否做一个gauss输入文件传给我?我的email:wg0802@163.com,非常感谢!

回复人：deng_jin,▲▲▲ (理论有机，研究方向：利用计算机辅助量化计算研究外部场（电磁复合场）对空间有机选择性合成) 时间：2005-04-15 22:00:31 编辑	13楼
怎么？你试的结果如何？这段话我是从molekel的网站上copy下来的，由于我没有使用过molekel，因此具体操作不清楚。你可以自己去molekel网站看看，那还有使用说明下载。我有空的话琢磨琢磨。

回复人：无我,▲ (我被科学的特别是化学的魅力深深吸引，但需面对的困难让我有些畏惧，我在徘徊，难以取舍。) 时间：2005-04-18 01:15:33 编辑

14楼

：）我看了molekel的说明了
但我还没有试：（
我还是有些不清楚：在gaussian中用NBO计算得到轨道系数和直接用“pop=full”得到的有什么不同？就是NBO指的自然分子轨道是什么呢？
molekel中关于gaussian的输入有下面的：
gaussian log: load data from a gaussian log file. To make full use of MOLEKEL run your gaussian jobs with the “GFPRINT” “and POP=FULL” or “POP=REG” option and set the“#P” print level.
• gaussian cube: load coordinates from a gaussian cube file. To load the actual cube data see the popup surface window.
• nbo orb: load orbital coefficients from a NBO calculation (as implemented in gaussian).Use the keyword “PLOT” in NBO to write out the various orbital coefficients. Load the regular gaussian logfile first and then change the already read in molecular orbital coeffi-
cients with this option to be able to display natural bond orbitals.
.log文件怎么生成的呢
呵呵，我问的问题可能很外行，但真的感谢！！

得分人：admin-1,deng_jin-4,

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