问题：求教：比较分子力场是一种什么研究方法？
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提问：liman0108
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版块：药物化学(jaywoo,合成小象,)
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时间：2007-12-16 17:41:26 编辑加入/取消收藏订制/取消短消息举报该贴

求教：比较分子力场是一种什么研究方法？还有比较分子相似性指数，距离几何，距离比较法，都是些什么研究方法，最好介绍本可以供学习的书。万分谢谢！

回复人：tangyyer,★★★★★ (有空来逛逛my blog: http://tangyyer.blog.hexun.com) 时间：2007-12-16 17:55:53 编辑

1楼

CoMFA是目前3D-QSAR中应用最广且最为成功的一种方法，但其在设计思想和实施过程中还存在一定缺陷，主要表现在匹配规则、新场引入、变量选择及数据处理等几个方面。本文对近年来关于CoMFA方法的各种改进研究做了较为系统的综述，并就CoMFA在药物设计中的作用进行了展望。
关键词　比较分子力场分析法　三维定量构效关系　匹配规则
比较分子力场分析法CoMFA是目前3D-QSAR中应用最广泛的一种方法,它主要是通过研究药物与受体非共价相互作用时的静电场和立体场来探寻药物分子性质.其具体实施步骤如下:首先确立药物分子的生物活性(药效)构象,再依据合理的匹配规则将化合物叠合.计算机将按照分子的笛卡尔坐标生成一个可包容所有分子且与最外围原子至少保持4X距离的矩形盒子(region),然后按一定的步长将此空间范围均匀划分,生成成百上千个网格点.操作者选取合适的探针原子置于每个网格点上计算分子和场的非共价作用能􀀀立体作用能用Lennard-Jones 6-12公式求得U静电作用能则由库仑函数得出由于网格点数目众多,自变量数目远大于因变量数,故CoMFA选用偏最小二乘法对变量与活性间关系进行统计处理首先用交互验证选取有最佳预测能力的模型,再以得出的最佳组分数目对变量进行常规回归分析,拟合CoMFA模型通常以交互较验得出的相关系数作为衡量CoMFA模型预测能力的判据。
from化学进展,2000年02期.
还可以看看：
http://www.wiley.com/legacy/wileychi/ecc/samples/sample05.pdf

[该帖子已被tangyyer在2007-12-16 17:56:30编辑过]

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